経営事項審査の申請内容に問題がある場合は、何らかの処分を行政から受けることはありますか?

違反行為がある場合は、行政処分(指示処分、営業停止処分、許可取消し等)の対象になります。例えば、完成工事高の水増し等の虚偽申請は、営業停止処分の対象になります(大阪府監督処分基準)。